公司的数据库一直在用 mysql.4.0.x 的版本，用了几年了，不过现在连 mysql 官方都停止对 4.0.x 版本的支持了，升级看起来是大势所趋。搜索了一些这方面的文章，大家的作法不一，网上的文章也有很多错误的地方。
总结了一下，由于 mysql 4.0.x 的库都是 latin1 编码的，所以主要问题还是出现在编码转换上。
废话少说，下面是经测试可用的转换步骤，测试版本为
mysql4.0.26->mysql5.0.45-community
1.latin1->latin1 原来是 latin1 字符集的数据库，升级后保留 latin1 编码；
个人不推荐这种方式，如果数据库中有包含中文字符的话，还是换成gbk或者utf8编码比较好。
这种方式下，可以直接把 datadir copy 到新的mysql 的data 目录即可，如果数据库中有包含中文，可能用 phpmyadmin 会看不到正常的结果，不用担心，用其它客户端连接的时候，都是可以正常输入和输出的，注意在用 php 连的时候，不需要加 set names xxx 字样；
2.latin1->gbk 原来是 latin1，升级后是 gbk
两种方法：
1) 修改 my.cnf，在 [mysqld] 中加入
default-character-set=gbk
后重启 mysql 服务，然后就可以直接把 datadir copy 过来了，前提是整个库中都是 gbk 编码的库的时候才建议这样，而且copy 过来后，my.cnf中的那行 default-character-set 不能再动了；
2) 手工在新服务器上建立需要的库，字符集选择 gbk，然后在旧服务器上先用 mysqldump 导出为 sql 文件，在导出的 sql 文件的起始位置添加 set names gbk; 在服务器上用以下语句导入：
mysql -u xxx [database] < xxx.sql
这种方式转换后，php 连接数据库后需要先执行 set names gbk;
3.latin1->utf8 原来是 latin1，升级后是 utf8
手工在新服务器上建立需要的库，字符集选择 utf8_bin，然后在旧服务器上先用 mysqldump 导出为 sql 文件，在导出的 sql 文件的起始位置添加 set names gbk; 在服务器上用下面的语句导入：
mysql --default-character-set=utf8 -u xxx [database] < xxx.sql
这种方式转换后，php 连接数据库后需要先执行 set names utf8;
另外有一点要注意的，4.1 版本开始，mysql 的用户密码算法有改变，php5 才支持这种新的验证方式，如果你还是使用 php4，可以在 my.cnf 的 [mysqld] 中多加一句：
old_password = 1